Игра основывается на романе Дмитрия Глуховского "Метро 2033" и рассказывает историю Артема, выжившего в метро Москвы после ядерной войны. Метро стало единственным убежищем оставшегося населения, но оно заполнено опасностями: мутанты, культы, враждебные выжившие и другие угрозы. Игроку предстоит пройти через опасные туннели и станции метро, собирая ресурсы и борясь с врагами, чтобы достичь своей цели - спасти мир от новой угрозы.