Загадочная высокотехнологичная террористическая организация под названием "E.Y.E." быстро захватывает весь город. После повышения в конце второго уровня Дьюк получает силовую броню под названием «боевой костюм ICE». С этим костюмом игрок может использовать новое, более смертоносное оружие: «Супервыстрел», плазменную винтовку, ракеты и разрушительную огневую атаку, если Дьюк их найдет. У игрока также есть реактивный ранец с ограниченным запасом топлива, который со временем пополняется. Эта броня позволяет игроку выдержать больше урона, прежде чем он будет повержен, но из-за того, что костюм увеличивает Дьюка в размерах, ему сложнее уклоняться от атак врагов. Последний босс игры, лидер E.Y.E., оказывается роботом с искусственным интеллектом, который пытается воспроизвести свои боевые костюмы ICE, чтобы захватить Либерти.