Стандартные субстраты – минеральная вата, верховой торф, переработанная кожура кокосового ореха – пришли на сити-фермы из «классической» тепличной гидропоники. Преимущества таких субстратов несомненны, но достаточно необычные условия закрытых помещений и развитие новых технологий выращивания растений привели к тому, что постепенно свое место начали отвоевывать и инертные сыпучие субстраты, например, цеолит, керамзит, песок, сосновая и березовая кора и др.