The Tides of Time сохранила тот же игровой процесс, что и ее предшественница. Основная атака Экко — таран врагов на высокой скорости, а его сонар используется для общения с другими китообразными и взаимодействия с некоторыми объектами, такими как кристаллические глифы, а также для создания карты местности с помощью эхолокации. Комбинируя свою скорость и сонар, Экко может атаковать врагов на расстоянии. Как млекопитающее, Экко также должен регулярно всплывать на поверхность, чтобы подышать.