Спустя пять лет после событий Contra III: The Alien Wars террористическая группировка под предводительством полковника-отступника Бахамута похитила инопланетную клетку, найденную во время войны, и теперь намерена использовать ее для производства оружия. Для урегулирования ситуации была сформирована новая оперативная группа, получившая название «Хард Корпс». В игре есть разветвленная сюжетная линия с несколькими возможными концовками.