Дарксайд нападает на планету Земля, разрушая при этом военную базу. Игрок берет под контроль одного из членов Лиги справедливости по своему выбору и отправляется на поиски остальных, чтобы получить информацию, но они нападают на него. Победив остальных членов Лиги справедливости, герой обнаруживает, что они — дубликаты-андроиды. Придя к такому выводу, герой сражается с Гепардой и Десперо, чтобы получить больше информации. Они оба приводят героя к Дарксайду, который заставляет его сразиться со своим двойником. Победив клона, герой должен сразиться с самим Дарксайдом. После победы над ним освобождаются остальные члены Лиги, а военная база восстанавливается.