События Assassin's Creed: Shadows разворачиваются в феодальной Японии. В стране идёт война между враждующими кланами, а в тени этих событий, как обычно, действуют ассасины и тамплиеры. На этот раз в игре сразу два главных героя: синоби-ассасин Наоэ и самурай Ясукэ, которым приходится объединить силы.